Δριμύτατη κριτική κατά της κυβέρνησης, αλλά και κατά του ΣΥΡΙΖΑ και του ΠΑΣΟΚ άσκησε ο κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος του ΚΚΕ, Θανάσης Παφίλης, κατηγορώντας τους για τον τρόπο που εφάρμοζαν την πολιτική της ΕΕ για την απελευθέρωση της αγοράς μεταφορών.
Κατά την παρέμβασή του στη συζήτηση για τη σύσταση Προανακριτικής Επιτροπής, η Θανάσης Παφίλης χαρακτήρισε την πρόταση του ΠΑΣΟΚ «βιαστική και αποσπασματική», παρατηρώντας ότι κατατίθεται πριν ολοκληρωθεί η έρευνα που κάθε μέρα βγάζει νέα στοιχεία.
Επικαλούμενος την κατάθεση του πρώην υπουργού Μεταφορών Δ. Ρέππα στην Εξεταστική Επιτροπή ότι «πράγματι υπάρχουν μαύρα βαγόνια που δεν ξέρουμε τί μεταφέρουν», ο κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος του ΚΚΕ εκτίμησε ότι δεν γίνεται να μην γνωρίζει κανένας τί μετέφερε η εμπορική αμαξοστοιχία που προκάλεσε την έκρηξη.
Μάλιστα, ο Θανάσης Παφίλης κάλεσε την κυβέρνηση ν’ απαντήσει, εάν μεταφερόταν καύσιμα του ΝΑΤΟ για τα drone που εδρεύουν στην αμερικανική βάση της Λάρισας, τονίζοντας ότι αν αποδειχθεί κάτι τέτοιο «πρέπει να βρείτε τις πιο βαθιές σπηλιές που υπάρχουν και να πάτε να κρυφτείτε μέσα».
«Αλλιώς, γιατί το πρωί της επόμενης μέρας, στο χώρο του εγκλήματος βρέθηκαν τρία ανώτατα στελέχη της Πολεμικής Αεροπορίας;», παρατήρησε, υποστηρίζοντας ότι η έκρηξη ήταν το αποτέλεσμα της σύγκρουσης που προηγήθηκε των δύο τρένων, τα οποία κινούνταν στην ίδια γραμμή, χωρίς συστήματα ασφαλείας, εξ αιτίας της πολιτικής που εφαρμόστηκε κατά τα προηγούμενα χρόνια από τις κυβερνήσεις ΠΑΣΟΚ, ΝΔ και ΣΥΡΙΖΑ.