Οι σημαντικότερες στιγμές στην ιστορία του Ηρακλή, από την ίδρυσή του ως σήμερα, μια πορεία στο χρόνο από τα πρώτα βήματα, από την τουρκοκρατούμενη Θεσσαλονίκη, μέχρι την πολυαθλητική καταξίωσή του. Ανά δεκαετία ο Ηρακλής ανέβαινε επίπεδα, κατακτούσε πρωτιές, πρωτοπορούσε και καθιερώθηκε στη συνείδηση όλου του κόσμου ως ένας σύλλογος πολυεπίπεδης προσφοράς.
Οι σημαντικότερες στιγμές:
1900–1919: Τα Πρώτα Βήματα
1903 – Πρώτοι αθλητικοί πυρήνες στη Θεσσαλονίκη που θα οδηγήσουν στη δημιουργία του συλλόγου.
1908 – Ίδρυση του «Ομίλου Φιλάθλων Θεσσαλονίκης».
1910 – Ανάπτυξη πρώτων αγωνιστικών τμημάτων στίβου.
1951 – Διοργάνωση σημαντικών αγώνων στη Θεσσαλονίκη.
1953 – Ο Ηρακλής αυξάνει τον αριθμό αθλητών του.
1954 – Ενδυνάμωση τμήματος βόλεϊ.
1956 – Σημαντική διοικητική ανασύνταξη.
1957 – Αγώνες με ευρωπαϊκές ομάδες στο ποδόσφαιρο.
1958 – Προετοιμασία για συμμετοχή στην Α’ Εθνική.
1959 – Ένταξη στην νεοσύστατη Α’ Εθνική ποδοσφαίρου.
1960–1969: Εδραίωση στην Α’ Εθνική
1961- Ο Ηρακλής γίνεται η πρώτη ελληνική ομάδα που συμμετέχει το Κύπελλο
Διεθνών Εκθέσεων (μετέπειτα ΟΥΕΦΑ) αντιμετωπίζοντας τη Βοϊβοντίνα 1962 – Δημιουργία νέων προπονητικών εγκαταστάσεων.
1963 – Συμμετοχή στο Κύπελλο Εκθέσεων (αντίπαλος η Ρεάλ Σαραγόσα)
1966 – Συμμετοχές σε πανελλήνια πρωταθλήματα στίβου.
1970–1979: Η Δεκαετία του Μεγαλείου
1970 – Ισχυροποίηση όλων των τμημάτων.
1972- Ο Αριστείδης Μούμογλου πετυχαίνει παγκόσμιο ρεκόρ πόντων με 143 στο παιχνίδι με τον ΒΑΟ (172-94)
1975-Έλευση στη Θεσσαλονίκη του μεγαλύτερου έλληνα ποδοσφαιριστή, Βασίλη Χατζηπαναγή
1975- Κατάκτηση Πανελληνίου Πρωταθλήματος ανδρών στο στίβο
1976- Κατάκτηση Πανελληνίου Πρωταθλήματος ανδρών στο στίβο
1976 – Κατάκτηση Κυπέλλου Ελλάδας στο ποδόσφαιρο.
1976- Πρώτη ευρωπαϊκή παρουσία της ομάδας βόλεϊ
1976- Συμμετοχή στο Κύπελλο Κυπελλούχων (με αντίπαλο τον ΑΠΟΕΛ)
1979- Κατάκτηση πανελληνίου Πρωταθλήματος ανδρών στον στίβο
1980–1989: Σταθερή Ανάπτυξη και Ευρωπαϊκή Παρουσία
1980- Ο Ηρακλής υποβιβάζεται για πρώτη φορά στην ποδοσφαιρική του ιστορία στη Β' Εθνική, ένας από τους τρεις υποβιβασμούς συνολικά που αποτελούν παγκόσμιο φαινόμενο
1985- Κατάκτηση του Βαλκανικού Κυπέλλου
1985- Κατάκτηση του πανελληνίου Πρωταθλήματος ανδρών στον στίβο
1985- Ο Βασίλης Χατζηπαναγής γίνεται μαζί με τον Θωμά Μαύρο οι μοναδικοί έλληνες παίκτες που αγωνίζονται στη Μικτή Κόσμου
1986- Κατάκτηση του πανελληνίου Πρωταθλήματος ανδρών στον στίβο
1987 – Συμμετοχή στο Κύπελλο Κόρατς στο μπάσκετ.
1989- Συμμετοχή στο Κύπελλου ΟΥΕΦΑ (με αντίπαλο τη Σιόν)
1990-Συμμετοχή στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ (με αντίπαλο τη Βαλένθια)
1990–1999: Ευρωπαϊκές Συμμετοχές και Ισχυρός Πολυαθλητισμός
1991- Κατάκτηση πανελληνίου Πρωταθλήματος γυναικών στον στίβο
1992- Η αθλήτρια του ΓΣ Ηρακλής Βούλα Πατουλίδου κερδίζει το χρυσό μετάλλιο στους Ολυμπιακούς Αγώνες στα 100 μέτρα με εμπόδια
1996 – Ο Ηρακλής θεωρείται πλέον «πολυαθλητική υπερδύναμη».
1996- Συμμετοχή στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ (με αντίπαλο τον ΑΠΟΕΛ)
2000–2009: Η Εποχή της Ευρωπαϊκής Δόξας στο Βόλεϊ
2000 – Το βόλεϊ μπαίνει στη «χρυσή εποχή».
2000-Κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας στο βόλεϊ
2000- Η αθλήτρια του ΓΣ Ηρακλής Αναστασία Κελεσίδου κατακτά το ασημένιο μετάλλιο στους Ολυμπιακούς Αγώνες στη δισκοβολία
2000- Ο Ηρακλής κατακτά το Πανελλήνιο Πρωτάθλημα Ελευθέρας Πάλης
2001- Συμμετοχή στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ (με αντιπάλους Γκενιόν και Καϊζερσλαουτερν)