Η ιστορία της είναι πλούσια και χωρίζεται σε δύο βασικές περιόδους: τη σοβιετική και τη μετα-σοβιετική. Η σοβιετική περίοδος (1954-1991): η ομάδα ιδρύθηκε το 1954 ως Λοκομοτίβ Άλμα-Ούτα. Στη συνέχεια, μετονομάστηκε σε Ουροζοάη το 1955 και τελικά σε Kairat το 1956. Κατά τη διάρκεια της σοβιετικής περιόδου, η Καϊράτήταν η κορυφαία ομάδα από το Καζακστάν και η μοναδική που εκπροσώπησε τη Σοβιετική Σοσιαλιστική Δημοκρατία του Καζακστάν στην κορυφαία κατηγορία, την Σοβιετική Top League.
Για αυτό το λόγο, η ομάδα κέρδισε το παρατσούκλι «Η Εθνική Ομάδα» και παραμένει εξαιρετικά δημοφιλής σε όλη τη χώρα. Συνολικά, η ομάδα πέρασε 24 σεζόν στην κορυφαία κατηγορία του σοβιετικού ποδοσφαίρου. Κατέκτησε δύο φορές την Α' Σοβιετική Λίγκα, το 1976 και το 1983. Κέρδισε επίσης το Κύπελλο Ομοσπονδίας της ΕΣΣΔ το 1988.
Η μετα-σοβιετική περίοδος (1992-σήμερα). Μετά τη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης το 1991, η Καϊράτ εντάχθηκε στο νεοσύστατο πρωτάθλημα του Καζακστάν. Ήταν ο πρώτος πρωταθλητής του Καζακστάν το 1992 και κατέκτησε και το πρώτο Κύπελλο Καζακστάν την ίδια χρονιά.
Η τροπαιοθήκη της και ο μισητός αντίπαλος
Έχει κερδίσει συνολικά τέσσερα πρωταθλήματα Καζακστάν (1992, 2004, 2020, 2024) ενώ είναι επίσης η ομάδα με τα περισσότερα Κύπελλα, έχοντας κατακτήσει 10 φορές τον τίτλο (1992, 1996–97, 1999–2000, 2001, 2003, 2014, 2015, 2017, 2018, 2021). Επίσης, έχει κατακτήσει τρία Σούπερ Καπ Καζακστάν. Έδρα της ομάδας είναι το Κεντρικό Στάδιο της Αλμάτι. Η Καϊράτ έχει έντονη αντιπαλότητα με την Αστάνα, καθώς οι αγώνες μεταξύ τους είναι γνωστοί ως το «Ντέρμπι των Δύο Πρωτευουσών» (Αλμάτι-Αστάνα).
Το δύσκολο ταξίδι προς τα «αστέρια»
Η Καϊράτ την προηγούμενη σεζόν κατέκτησε το πρωτάθλημα στον πόντο, καθώς μάζεψε 47 βαθμούς, ενώ η Αστάνα τερμάτισε στη δεύτερη θέση της βαθμολογίας με 46. Ξεκίνησε το ταξίδι της στον 1ο προκριματικό γύρο του Champions League απέναντι στην Ολίμπια Λιουμπλιάνας, με τους Καζάκους να παίρνουν την ισοπαλία στο πρώτο παιχνίδι στη Σλοβενία (1-1) και να προκρίνονται εντός έδρας με 2-0 την επόμενη εβδομάδα.
Στον επόμενο προκριματικό γύρο βρήκαν στον δρόμο τους την Κουόπιο από τη Φινλανδία, με τους Σκανδιναβούς να επικρατούν στο πρώτο παιχνίδι, στο «σπίτι» τους (2-0). Ωστόσο, οι Καζάκοι κατάφεραν να κάνουν την επική ανατροπή (3-0) και να περάσουν αυτοί στον 3ο προκριματικό γύρο του Champions League.
Στον τρίτο γύρο; Αντιμετώπισαν μία ομάδα που ήταν πιο έμπειρη, με την Καϊράτ να αντιμετωπίζει τη Σλόβαν Μπρατισλάβας. Οι Καζάκοι κέρδισαν στο πρώτο παιχνίδι (1-0) στη Σλοβακία, ωστόσο στη ρεβάνς, άντεξαν στην πίεση. Δέχτηκαν γκολ, αλλά προκρίθηκαν εντέλει στα πέναλτι (4-3).
Έτσι, η Καϊράτ έφτασε στα play-offs του Champions League και ένα βήμα πριν από το θαύμα... Μία ανάσα από τα «αστέρια». Τελευταίος αντίπαλος; Η Σέλτικ. Στο πρώτο παιχνίδι, οι Καζάκοι κράτησαν το μηδέν (0-0), και έκαναν το όνειρο πραγματικότητα, στη διαδικασία των πέναλτι και μετά από 120 λεπτά χωρίς γκολ. Ο 21χρονος Αναρμπέκοφ αποδείχθηκε ο ήρωας του παιχνιδιού μετά από τρεις αποκρούσεις πέναλτι στη «ρώσικη ρουλέτα», με αποτέλεσμα να στείλει την Καϊράτ για πρώτη φορά στην ιστορία της στην κύρια φάση του Champions League.
Το Καζακστάν θα δει για δεύτερη φορά στην ιστορία μία ομάδα από τη χώρα ν συμμετέχει στην εν λόγω φάση, μετά τη σεζόν 2015-2016, όπου συμμετείχε η Αστάνα. Για την ιστορία, η μισητή αντίπαλος της Καϊράτ τερμάτισε τελευταία σε έναν όμιλο με Ατλέτικο Μαδρίτης, Μπενφίκα και Γαλατάσαραϊ.